В рамках пограничного контроля граждан третьих стран будут фотографировать и снимать отпечатки пальцев для внесения в систему. Кроме того, пребывание в Шенгенской зоне начнут фиксировать в цифровом виде, что означает, что в паспорта больше не будут ставить штампы о пересечении границы.

По словам министра внутренних дел Игоря Таро, идея Шенгенской зоны всегда заключалась в свободном передвижении без ограничений, однако в условиях изменившейся ситуации с безопасностью необходимы дополнительные данные о тех, кто въезжает в зону и покидает ее.

Министр сообщил, что в будущем людей будут идентифицировать по отпечаткам пальцев и фотографиям, хранящимся в системе, что сделает пограничный контроль проще и быстрее, а также поможет эффективнее выявлять случаи мошенничества с документами и удостоверениями личности.

Также Таро подчеркнул, что новая система позволит отслеживать всех, кто въехал в зону свободного передвижения, но не покинул ее в установленный срок.

В Эстонии запуск системы EES координировали Центр информационных технологий и развития Министерства внутренних дел, Департамент полиции и погранохраны, а также само министерство. Разработка и внедрение системы в Эстонии частично финансируются Европейским союзом.