В первой половине месяца Эстония окажется на южной периферии обширной зоны низкого давления, которая будет перемещаться с Атлантики через Скандинавию на восток. Почти каждый день ожидаются кратковременные дожди. При этом в одни дни осадки будут чаще и сильнее в Северной Эстонии, в другие – в Южной Эстонии. Ветер преимущественно будет умеренным, западных направлений.

Во второй половине сентября чаще начнут преобладать области высокого давления, поэтому дождливых дней станет меньше.

Температура воздуха будет постепенно снижаться. В начале месяца дневная температура еще сможет достигать +15...+19°C. Первые более прохладные ночи, когда температура в приземном слое воздуха опустится почти до 0°C, ожидаются в середине месяца.

После этого ожидается некоторое потепление. Нового понижения температуры синоптики ждут в последней четверти месяца: в материковой части Эстонии ночная температура может опускаться примерно до 0°C.

В целом среднемесячная температура в сентябре ожидается в пределах климатической нормы или немного выше. Норма для сентября составляет +11,1...+13,9°C. Количество осадков также прогнозируется в пределах нормы, местами – несколько выше (норма – 52...63 мм).