В первый раз изменения в Конституцию были внесены в 2003 году, когда срок полномочий законодательных собраний в местных самоуправлениях был продлен с трех лет до четырех. Поправка вступила в силу до местных выборов 2005 года.

Второй раз Основной закон Эстонии менялся, когда страна принимала решение о вступлении в Евросоюз. Это был первый и пока единственный случай, когда Конституция менялась по результатам всенародного голосования на референдуме. Напомним, что связать себя с Европой народ Эстонии решил 14 сентября 2003 года (66,8% участвовавших на референдуме проголосовали «за»), 1 мая 2004 года страна стала частью ЕС.

В третий раз Конституцию решили поменять в 2007 году. Была принята поправка, согласно которой менялся текст преамбулы Основного закона. Фраза «государство должно обеспечить сохранение эстонского народа и культуры сквозь века» была изменена на «государство должно обеспечить сохранение эстонского народа, языка и культуры сквозь века». Таким образом, в тексте было закреплено значение эстонского языка как одной из главных ценностей эстонского государства.

В 2011 году были приняты весьма значимые поправки в Основной закон, касающиеся системы государственной обороны. Рийгикогу посчитал, что действовавшие в то время положения стали препятствием для развития государства.

Из Конституции было удалено положение о командующем Силами обороны и верховном главнокомандующем. Установление порядка назначения на должность и освобождения от должности руководителей Сил обороны было передано парламенту, который обязан был принять по этому поводу отдельный закон.

До этого командующего Силами обороны утверждал Рийгикогу по предложению президента, а президент утверждал состав руководства Сил обороны по предложению командующего Силами обороны.

Еще в 2008 году, когда начался процесс введения поправки, президент Тоомас Хендрик Ильвес обосновывал ее тем, что в парламентском государстве вооруженные силы должны подчиняться только правительству, а не кому-либо еще.