Изменения в программе вызваны ранее принятым Европейской комиссией решением сократить выделяемые Эстонии средства на 35,4 млн евро. В связи с этим внесены корректировки и в стоимость связанных с субсидиями проектов.

В конце 2016 года Европейская комиссия после анализа нынешнего бюджетного периода, решила сократить объем выделяемых Эстонии средств почти на 1% или на 35,4 млн евро.

В директиве ЕС, регулирующей деятельность всего периода 2014-2020 года, отмечается, что в 2016 году Еврокомиссия проанализирует прогнозы по ВВП стран ЕС и по трудовой занятости, сравнив прогнозы, составленные в 2012 году, и реальные цифры в период с 2012 по 2014 годы.

Если в результате этого сравнения выяснилось, что в этот период дела в экономике той или иной страны развивались в лучшую сторону, то было решено сократить выделение помощи от структурных фондов ЕС – Европейского социального фонда, Европейского фонда регионального развития и Фонда сплочения ЕС. Именно так произошло и с Эстонией, объем выделяемой помощи которой на период с 2014 по 2020 годы было решено сократить на 35,4 млн евро.

В течение нынешнего бюджетного периода Эстония получит от ЕС на 4,5 млрд евро больше, чем она сама платит в бюджет ЕС. Собственный вклад Эстонии в ЕС составляет 1,4 млрд евро.