Политическая карьера Отт началась в 2005 году, когда на выборах в местные органы власти она была избрана в волостное собрание Ласва в качестве представителя "Народного союза".

Четыре года спустя она была избрана депутатом Выруского горсобрания по списку Социал-демократической партии. Осенью 2009 года Отт избрали мэром Выру, и она занимала эту должность до вотума недоверия весной 2010 года.

В Центристской партии с 2011 года

25 апреля 2011 года Отт вышла из Социал-демократической партии и в тот же день вступила в Центристскую партию.

В 2011–2014 годах работала в Таллинне старшим заместителем районной управы Нымме.

На выборах в Рийгикогу 2015 года Отт баллотировалась в рядах Центристской партии в уездах Выру, Валга и Пылва, набрала 1119 голосов и напрямую в Рийгикогу не прошла. В ноябре 2015 года Отт стала членом XIII созыва Рийгикогу вместо Прийта Тообала.

На выборах 2019 года она баллотировалась в том же избирательном округе, получила 1474 голоса и прошла в парламент. В Рийгикогу она является членом комиссии по делам Европейского союза и комиссии по национальной обороны. 

Аннели Отт - председатель Выруского округа Центристской партии.

В политике были отец и дядя

Отец Аннели Яак Отт до своей гибели на пароме "Эстония" в 1994 году был мэром Выру. Дядя Аннели Юри Отт долгое время занимал пост старейшины района Кесклинн в Таллинне.

44-летняя Аннели Отт училась в средней школе Парксепа в Вырумаа, которую окончила в 1994 году. Она получила высшее образование в Тартуском университете в 1999 году в области спортивных наук, а 2000 году она в качестве дополнительной специальности получила профессию учителя.

Отт увлекается литературой, оздоровительным спортом, путешествиями, экологически чистым образом жизни, а также местной и здоровой пищей. Она является членом правления Эстонской волейбольного союза.

Аннели Отт разведена (будучи мэром Выру она носила фамилию Вийткин), у нее есть дочь и сын.